《认定办法》特别带有附件——《国家重点支持的高新技术领域》，这是一个很大的不同。按照老标准，高新技术企业所研发和生产的产品应当属于国家规定的高新技术产品目录范围，而新办法则是规定国家重点支持的高新技术领域，在认定工作中取消了《高新技术产品目录》，用“领域”代替了“产品”。科技部部长万钢在接受媒体采访时认为，上世纪90年代出台的高新技术企业认定管理办法是针对国际上高新技术产业蓬勃兴起，国内外差距较大的情况下制定的，当时在许多领域建立生产能力是第一位的问题，编制《产品目录》用来界定高新技术企业具有历史的合理性。但是，随着时间的推移，以《产品目录》为导向来认定高新技术企业已不适应我国科技、经济快速发展的要求，造成一些地方将只具备产品生产加工能力，不从事自主研发，长期处于高新技术产业链和价值链低端的加工型企业也被认定为高新技术企业。同时，大量伴随着现代服务业发展起来的从事技术开发和技术服务的企业又不能被纳入高新技术企业的范畴。

《国家重点支持的高新技术领域》，则是用来判断企业所进行的研究开发与产业化活动是否具有创新性，是否符合国家重点支持方向，同时兼顾支持技术型服务业，并将成熟技术和不符合国家产业政策的领域排除在外，避免了《产品目录》的局限性。

新办法中还有这样一些客观条件成为企业必须跨越的门槛：中国境内企业近3年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品(服务)的核心技术拥有自主知识产权;具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上;高新技术产品(服务)收入占企业当年总收入的60%以上。

万钢指出，原有的高新技术企业认定办法存在一个很大的不足，就是没有规定关键认定指标的测度依据，特别是对研究开发活动一直没有给出评价标准和费用归集标准，致使各地在实际操作时，缺乏统一可测的标准。《认定办法》在认定标准上更加准确规范，操作起来尺度一致，避免了认定工作的随意性。